Nel 1769 l’Accademia di Pittura Scultura ed Architettura inclusa da Maria Teresa d'Austria nell’Accademia di Scienze, Belle Lettere ed Arti, fu affidata alla direzione del pittore cremonese Giuseppe Bottani. Questi, nel trentennio in cui visse a Roma, collezionò una ricca serie di gessi (nel 1773 compilava un elenco di oltre seicento pezzi) che si fece inviare a Mantova dopo il suo trasferimento. Fra il 1775 e il 1776 i gessi di Bottani furono utilizzati in Accademia per il disegno dal vero sino al 1862, quando l'edificio e l'intera collezione divennero di propiretà comunale.
Agli inizi del Novecento il Comune trasferì in Palazzo Ducale gran parte della collezione per poi consegnarla, nel 1940, agli Istituti d'Arte di Mantova e Guidizzolo.
Nel 2004, dopo un'attenta ricognizione inventariale, si è proceduto a ritirare tutti i gessi presenti nelle sedi scolastiche per riunirli a quelli ancora depositati in palazzo Ducale e ripristinare la gipsoteca comunale. La collezione, composta da 231 pezzi, è attualmente conservata presso i depositi dei Musei Civici. Nella logica della valorizzazione del patrimonio artistico, un primo nucleo di opere appartenenti alla gipsoteca è stato recentemente restaurato ed è ora esposto al Museo della Città.