Il Museo della Città, così come è stato ideato, si propone di raccontare i momenti più emblematici della storia di Mantova e alcuni tratti della sua grande civiltà artistica attraverso la valorizzazione delle Collezioni Civiche nel riqualificato cinquecentesco Palazzo di San Sebastiano. Si viene così finalmente a colmare quel vuoto nel sistema dei musei mantovani generato dalla chiusura a inizio del secolo scorso dello storico Museo Patrio o Civico dove le collezioni comunali erano in origine raccolte. Tale risultato è il frutto di un percorso di ricerca e recupero dello straordinario patrimonio cittadino.
Grazie alla tecnologia multimediale, il Museo propone allo stesso tempo continui riferimenti in direzione della città e del suo territorio, a partire dalla segnalazione della provenienza delle opere. La sede museale ospita inoltre al suo interno il Centro Studi e Documentazione sulle Collezioni Civiche che permette al pubblico di accedere a tutte le informazioni raccolte sulle diverse collezioni comunali ospitate nel Museo della Città così come in altre sedi museali cittadine.